BİLGİ PAKETİ / DERS KATALOĞU
| MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK (YL) (TEZLİ) | |||||
| Yüksek Lisans | TYYÇ: 7. Düzey | QF-EHEA: 2. Düzey | EQF-LLL: 7. Düzey | ||
Ders Genel Tanıtım Bilgileri
| Ders Kodu: | 3000002009 | ||||||||
| Ders İsmi: | Biyoenformatik | ||||||||
| Ders Yarıyılı: | Güz | ||||||||
| Ders Kredileri: |
|
||||||||
| Öğretim Dili: | |||||||||
| Ders Koşulu: | |||||||||
| Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?: | Hayır | ||||||||
| Dersin Türü: | Anabilim Dalı/Lisansüstü Seçmeli | ||||||||
| Dersin Seviyesi: |
|
||||||||
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze | ||||||||
| Dersin Koordinatörü: | Dr.Öğr.Üyesi Banu TAKTAK KARACA | ||||||||
| Dersi Veren(ler): | |||||||||
| Dersin Yardımcıları: |
Dersin Amaç ve İçeriği
| Dersin Amacı: | Moleküler biyoloji ve bilgisayar bilimlerinin buluştuğu disiplinlerarası bir bilim dalı olan biyoinformatik hakkında genel bir bakış sunmak, milyonlarca nükleotid ya da amino asitlerden oluşan dizileri sıradan bir kişisel bilgisayarda analiz edebilme ve sonrasında uygulanan analizler sayesinde biyolojik sistemlere ait yapı ve mekanizmanın açığa çıkartılması ile hastalıklara sebep olan mekanizmanın belirlenmesi ve tedavisinin mümkün kılınmasına giden yol haritasını göstermek. |
| Dersin İçeriği: | Biyoinformatiğe genel bakış, Sekans ve literatürdeki her türlü veriye ulaşma yöntemleri, İkili dizi hizalama, BLAST, İleri BLAST teknikleri, Çoklu dizi hizalama, Protein Yapı ve Tahmini, İlaç Tasarımına genel bakış. |
Öğrenme Kazanımları
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ders Akış Planı
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Hesapsal biyolojiye giriş | Ders Kitabi |
| 2) | Protein dizisi analizi | Ders kitabı |
| 3) | Nükleik asit dizisi analizi | Ders Kitabi |
| 4) | Filogenetik analiz | Ders Kitabi |
| 5) | Bağlanma motifleri, kapalı Markov modelleri, 3 boyutlu yapı tahmini ve modelleme | Ders Kitabi |
| 6) | Mevcut alanlara bir bakış; ekspresyon analizi, sayısal görüntü analizi, hücresel sinyal iletim ağlarının modellenmesi | Ders Kitabi |
| 7) | Biyomedikal bilgi teknolojisi; biyolojik ve medikal verilerle ilgili olarak çağdaş bilgi sistemlerinin dizaynı | Ders Kitabi |
| 8) | Ara sınav / Midterm | |
| 9) | Veri değişim protokolları ve bilgisayar modelleme mimarlığı | Ders Kitabi |
| 10) | Bilgisayarlı nöroloji bilimi; sinir sistemine giriş, sinir ve kas hücrelerinin fizyolojisi, sinaps ile ilgili ileti ve algılayan kas hücreleri | Ders Kitabi |
| 11) | İleri biyolojik modelleme: birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin düzenlenmesi ve analizi | Ders Kitabi |
| 12) | Bilgisayar cebir sistemleri | |
| 13) | Düzensizlik metodları, optimizasyona giriş | |
| 14) | Proje sunumu | |
| 15) | Final sinavi |
Kaynaklar
| Ders Notları / Kitaplar: | Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, by D.Mount, 2004 Structural Bioinformatics, Bourne PE and Weissig H, John Wiley & Sons, 2003 Bioinformatics: Sequence Alignment and Markov Models, by K.R.Sharma, McGraw Hill 2009. Computational Text Analysis for Functional Genomics and Bioinformatics, RayChaudhuri S, Oxford U Press, 2006 |
| Diğer Kaynaklar: | Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, by D.Mount, 2004 Structural Bioinformatics, Bourne PE and Weissig H, John Wiley & Sons, 2003 Bioinformatics: Sequence Alignment and Markov Models, by K.R.Sharma, McGraw Hill 2009. Computational Text Analysis for Functional Genomics and Bioinformatics, RayChaudhuri S, Oxford U Press, 2006 |
Ders - Program Öğrenme Kazanım İlişkisi
| Ders Öğrenme Kazanımları | 1 |
2 |
3 |
||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Program Kazanımları | |||||||||||||||
| 1) Alanındaki güncel bilgileri içeren ders kitapları, uygulama araç-gereçleri ve diğer kaynaklarla desteklenen ileri düzeydeki kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahip olma. | |||||||||||||||
| 2) Alanında edindiği ileri düzeydeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme. | |||||||||||||||
| 3) Alanında edindiği ileri düzeydeki bilgi ve becerileri kullanarak verileri yorumlayabilme ve değerlendirebilme, sorunları tanımlayabilme, analiz edebilme, araştırmalara ve kanıtlara dayalı çözüm önerileri geliştirebilme. | |||||||||||||||
| 4) Alanı ile ilgili konularda ilgili kişi ve kurumları bilgilendirebilme; düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak aktarabilme. | |||||||||||||||
| 5) Alanı ile ilgili konularda düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini nicel ve nitel verilerle destekleyerek uzman olan ve olmayan kişilerle paylaşabilme. | |||||||||||||||
| 6) Toplumsal sorumluluk bilinci ile yaşadığı sosyal çevre için proje ve etkinlikler düzenleyebilme ve bunları uygulayabilme. | |||||||||||||||
| 7) Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B1 Genel Düzeyi'nde kullanarak alanındaki bilgileri izleyebilme ve meslektaşları ile iletişim kurabilme. | |||||||||||||||
| 8) Alanının gerektirdiği en az Avrupa Bilgisayar Kullanma Lisansı İleri Düzeyinde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanabilme. | |||||||||||||||
| 9) Alanında edindiği ileri düzeydeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme, | |||||||||||||||
| 10) Öğrenme gereksinimlerini belirleyebilme ve öğrenmesini yönlendirebilme. | |||||||||||||||
| 11) Yaşamboyu öğrenmeye ilişkin olumlu tutum geliştirebilme. | |||||||||||||||
| 12) Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve sonuçlarının duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlere uygun hareket etme. | |||||||||||||||
| 13) Sosyal hakların evrenselliği, sosyal adalet, kalite kültürü ve kültürel değerlerin korunması ile çevre koruma, iş sağlığı ve güvenliği konularında yeterli bilince sahip olma. | |||||||||||||||
| 14) Alanı ile ilgili ileri düzeydeki bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilme. | |||||||||||||||
| 15) Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunları çözmek için bireysel ve ekip üyesi olarak sorumluluk alabilme. | |||||||||||||||
| 16) Sorumluluğu altında çalışanların bir proje çerçevesinde gelişimlerine yönelik etkinlikleri planlayabilme ve yönetebilme. | |||||||||||||||
Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Alanındaki güncel bilgileri içeren ders kitapları, uygulama araç-gereçleri ve diğer kaynaklarla desteklenen ileri düzeydeki kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahip olma. | |
| 2) | Alanında edindiği ileri düzeydeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme. | |
| 3) | Alanında edindiği ileri düzeydeki bilgi ve becerileri kullanarak verileri yorumlayabilme ve değerlendirebilme, sorunları tanımlayabilme, analiz edebilme, araştırmalara ve kanıtlara dayalı çözüm önerileri geliştirebilme. | |
| 4) | Alanı ile ilgili konularda ilgili kişi ve kurumları bilgilendirebilme; düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak aktarabilme. | |
| 5) | Alanı ile ilgili konularda düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini nicel ve nitel verilerle destekleyerek uzman olan ve olmayan kişilerle paylaşabilme. | |
| 6) | Toplumsal sorumluluk bilinci ile yaşadığı sosyal çevre için proje ve etkinlikler düzenleyebilme ve bunları uygulayabilme. | |
| 7) | Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B1 Genel Düzeyi'nde kullanarak alanındaki bilgileri izleyebilme ve meslektaşları ile iletişim kurabilme. | |
| 8) | Alanının gerektirdiği en az Avrupa Bilgisayar Kullanma Lisansı İleri Düzeyinde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanabilme. | |
| 9) | Alanında edindiği ileri düzeydeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme, | |
| 10) | Öğrenme gereksinimlerini belirleyebilme ve öğrenmesini yönlendirebilme. | |
| 11) | Yaşamboyu öğrenmeye ilişkin olumlu tutum geliştirebilme. | |
| 12) | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve sonuçlarının duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlere uygun hareket etme. | |
| 13) | Sosyal hakların evrenselliği, sosyal adalet, kalite kültürü ve kültürel değerlerin korunması ile çevre koruma, iş sağlığı ve güvenliği konularında yeterli bilince sahip olma. | |
| 14) | Alanı ile ilgili ileri düzeydeki bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilme. | |
| 15) | Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunları çözmek için bireysel ve ekip üyesi olarak sorumluluk alabilme. | |
| 16) | Sorumluluğu altında çalışanların bir proje çerçevesinde gelişimlerine yönelik etkinlikleri planlayabilme ve yönetebilme. |
Öğrenme Etkinliği ve Öğretme Yöntemleri
| Anlatım | |
| Ders | |
| Ödev | |
| Seminer |
Ölçme ve Değerlendirme Yöntemleri ve Kriterleri
| Yazılı Sınav (Açık uçlu sorular, çoktan seçmeli, doğru yanlış, eşleştirme, boşluk doldurma, sıralama) | |
| Ödev | |
| Uygulama | |
| Sunum |
Ölçme ve Değerlendirme
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Ödev | 7 | % 10 |
| Ara Sınavlar | 1 | % 30 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu Sınavı | 1 | % 60 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 40 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 60 | |
| Toplam | % 100 | |
İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
| Ders Saati | 15 | 3 | 45 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 15 | 5 | 75 |
| Ödevler | 10 | 4 | 40 |
| Ara Sınavlar | 1 | 3 | 3 |
| Final | 1 | 3 | 3 |
| Toplam İş Yükü | 166 | ||