BESLENME VE DİYETETİK (YL) (TEZSİZ)
Yüksek Lisans TYYÇ: 7. Düzey QF-EHEA: 2. Düzey EQF-LLL: 7. Düzey

Ders Genel Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu: 3000002009
Ders İsmi: Biyoenformatik
Ders Yarıyılı: Güz
Ders Kredileri:
Teorik Pratik Kredi AKTS
3 0 3 6
Öğretim Dili:
Ders Koşulu:
Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?: Hayır
Dersin Türü: Anabilim Dalı/Lisansüstü Seçmeli
Dersin Seviyesi:
Yüksek Lisans TYYÇ:7. Düzey QF-EHEA:2. Düzey EQF-LLL:7. Düzey
Dersin Veriliş Şekli: Yüz yüze
Dersin Koordinatörü: Dr.Öğr.Üyesi Banu TAKTAK KARACA
Dersi Veren(ler):
Dersin Yardımcıları:

Dersin Amaç ve İçeriği

Dersin Amacı: Moleküler biyoloji ve bilgisayar bilimlerinin buluştuğu disiplinlerarası bir bilim dalı olan biyoinformatik hakkında genel bir bakış sunmak, milyonlarca nükleotid ya da amino asitlerden oluşan dizileri sıradan bir kişisel bilgisayarda analiz edebilme ve sonrasında uygulanan analizler sayesinde biyolojik sistemlere ait yapı ve mekanizmanın açığa çıkartılması ile hastalıklara sebep olan mekanizmanın belirlenmesi ve tedavisinin mümkün kılınmasına giden yol haritasını göstermek.
Dersin İçeriği: Biyoinformatiğe genel bakış, Sekans ve literatürdeki her türlü veriye ulaşma yöntemleri, İkili dizi hizalama, BLAST, İleri BLAST teknikleri, Çoklu dizi hizalama, Protein Yapı ve Tahmini, İlaç Tasarımına genel bakış.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
Öğrenme Kazanımları
1 - Bilgi
Kuramsal - Olgusal
1) Öğrenciler biyoinformatik kullanım alanlarını öğrenirler.
2 - Beceriler
Bilişsel - Uygulamalı
3 - Yetkinlikler
İletişim ve Sosyal Yetkinlik
Öğrenme Yetkinliği
1) Öğrenciler bilginin toplanması ve işlenmesi konusunu anlamış olurlar.
2) Öğrenciler biyolojik veri bankalarını kullanabilirler.
Alana Özgü Yetkinlik
Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği

Ders Akış Planı

Hafta Konu Ön Hazırlık
1) Hesapsal biyolojiye giriş Ders Kitabi
2) Protein dizisi analizi Ders kitabı
3) Nükleik asit dizisi analizi Ders Kitabi
4) Filogenetik analiz Ders Kitabi
5) Bağlanma motifleri, kapalı Markov modelleri, 3 boyutlu yapı tahmini ve modelleme Ders Kitabi
6) Mevcut alanlara bir bakış; ekspresyon analizi, sayısal görüntü analizi, hücresel sinyal iletim ağlarının modellenmesi Ders Kitabi
7) Biyomedikal bilgi teknolojisi; biyolojik ve medikal verilerle ilgili olarak çağdaş bilgi sistemlerinin dizaynı Ders Kitabi
8) Ara sınav / Midterm
9) Veri değişim protokolları ve bilgisayar modelleme mimarlığı Ders Kitabi
10) Bilgisayarlı nöroloji bilimi; sinir sistemine giriş, sinir ve kas hücrelerinin fizyolojisi, sinaps ile ilgili ileti ve algılayan kas hücreleri Ders Kitabi
11) İleri biyolojik modelleme: birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin düzenlenmesi ve analizi Ders Kitabi
12) Bilgisayar cebir sistemleri
13) Düzensizlik metodları, optimizasyona giriş
14) Proje sunumu
15) Final sinavi

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, by D.Mount, 2004
Structural Bioinformatics, Bourne PE and Weissig H, John Wiley & Sons, 2003
Bioinformatics: Sequence Alignment and Markov Models, by K.R.Sharma, McGraw Hill 2009.
Computational Text Analysis for Functional Genomics and Bioinformatics, RayChaudhuri S, Oxford U Press, 2006
Diğer Kaynaklar: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, by D.Mount, 2004
Structural Bioinformatics, Bourne PE and Weissig H, John Wiley & Sons, 2003
Bioinformatics: Sequence Alignment and Markov Models, by K.R.Sharma, McGraw Hill 2009.
Computational Text Analysis for Functional Genomics and Bioinformatics, RayChaudhuri S, Oxford U Press, 2006

Ders - Program Öğrenme Kazanım İlişkisi

Ders Öğrenme Kazanımları

1

2

3

Program Kazanımları
1) Beslenme ve diyetetik alanıyla ilgili kanıta dayalı güncel bilgiyi kazanır.
2) Güncel bilgiye ulaşarak teknolojik araç gereçler konusunda bilgi edinir.
3) Teknolojiyi kullanarak edindiği bilimsel bilgilerin sentez ve analizini yapar, yorumlar, raporlar ve çözüm önerileri geliştirir, farklı disiplinler ve meslektaşlarıyla etik ilkeler doğrultusunda iletişim kurarak bilgilerini paylaşır.
4) Alanıyla ilgili problemlerle karşılaştığında sorumluluk alır, topluma örnek olur, çözüm önerileri getirir, ekip çalışması yaparak bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır.
5) Yaşam boyu öğrenme ilkelerini benimseyerek kendini günceller, etik ilkeler doğrultusunda bilimsel makaleleri eleştirel bir yaklaşımla istatistiksel olarak kanıta dayalı uygulamalarla değerlendirir, tartışır, yorumlar.
6) Etik ilkeler doğrultusunda bilimsel bilgileri toplar, yorumlar, birey ve toplumu gözeterek, ulusal ve uluslararası beslenme plan ve politikalarına yön verecek çalışmalara katkıda bulunur, yürütür, yönetir, değerlendirir.

Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi

Etkisi Yok 1 En Düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 En Yüksek
           
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi Katkı Payı
1) Beslenme ve diyetetik alanıyla ilgili kanıta dayalı güncel bilgiyi kazanır.
2) Güncel bilgiye ulaşarak teknolojik araç gereçler konusunda bilgi edinir.
3) Teknolojiyi kullanarak edindiği bilimsel bilgilerin sentez ve analizini yapar, yorumlar, raporlar ve çözüm önerileri geliştirir, farklı disiplinler ve meslektaşlarıyla etik ilkeler doğrultusunda iletişim kurarak bilgilerini paylaşır.
4) Alanıyla ilgili problemlerle karşılaştığında sorumluluk alır, topluma örnek olur, çözüm önerileri getirir, ekip çalışması yaparak bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır.
5) Yaşam boyu öğrenme ilkelerini benimseyerek kendini günceller, etik ilkeler doğrultusunda bilimsel makaleleri eleştirel bir yaklaşımla istatistiksel olarak kanıta dayalı uygulamalarla değerlendirir, tartışır, yorumlar.
6) Etik ilkeler doğrultusunda bilimsel bilgileri toplar, yorumlar, birey ve toplumu gözeterek, ulusal ve uluslararası beslenme plan ve politikalarına yön verecek çalışmalara katkıda bulunur, yürütür, yönetir, değerlendirir.

Öğrenme Etkinliği ve Öğretme Yöntemleri

Anlatım
Ders
Ödev
Seminer

Ölçme ve Değerlendirme Yöntemleri ve Kriterleri

Yazılı Sınav (Açık uçlu sorular, çoktan seçmeli, doğru yanlış, eşleştirme, boşluk doldurma, sıralama)
Ödev
Uygulama
Sunum

Ölçme ve Değerlendirme

Yarıyıl İçi Çalışmaları Aktivite Sayısı Katkı Payı
Ödev 7 % 10
Ara Sınavlar 1 % 30
Yarıyıl/Yıl Sonu Sınavı 1 % 60
Toplam % 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI % 40
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI % 60
Toplam % 100

İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması

Aktiviteler Aktivite Sayısı Süre (Saat) İş Yükü
Ders Saati 15 3 45
Sınıf Dışı Ders Çalışması 15 5 75
Ödevler 10 4 40
Ara Sınavlar 1 3 3
Final 1 3 3
Toplam İş Yükü 166